Hola Maca_Machacanueces!!
No tendría que haber problema si duermes con tu mascota durante el embarazo si llevas una adecuada higiene con ella y si tienes un control correcto en su calendario de medicina preventiva: vacunas y desparasitación interna y externa vigentes. Y la mascota se encuentre sana (consulta a tu veterinario) y no tenga contacto con otros perros principalmente callejeros u otro tipo de animales silvestres.
Las enfermedades zoonóticas (transmitidas de animales a humanos) principalmente se contagian a través de secreciones (saliva, heces, orina, consumo de carne infectada o alimentos no lavados y desinfectados) ingresando por la boca o mucosas nasales u oculares, en el caso de enfermedades cutáneas ( sarna sarcóptica o dermatofitosis principalmente) son por contacto directo con el animal infectado o fomites que hayan tenido contacto con él.
Cabe mencionar que la mayoria de las enfermedades presentan signos clínicos evidentes en animales infectados (vómito, diarrea, alopecia, comezón, etc) dependiendo el caso y enfermedad por la que este cursando.
¡Saludos!