Por eso es una buena medida de seguridad quitar las alfombras mientras el cachorro no sea totalmente limpio, uses o no empapadores. Si muchos cachorros van directos a los empapadores es simplemente porque su instinto les lleva a preferir las superficies absorbentes. Si hay alfombras, puede que se decanten por ellas, aunque nunca hayas usado un empapador con ellos. No es algo sistemático, pero si podemos evitarnos tan fácilmente que pillen ese tipo de malos hábitos, que a veces cuestan mucho de quitar, mejor no arriesgarse.
Así que en mi casa, cachorro = nada de alfombras. Y no solo por el tema de los pipis, es que una alfombra también es muy tentadora para mordisquearla.
Te confieso que nunca he entendido todo ese agobio con los empapadores. Creo que, como pasa a menudo, el problema no es el objeto en sí, sino el uso que la gente hace de él. Se puede usar un empapador y llevar un "aprendizaje" clásico de la limpieza. No sé cómo lo hicieron tus padres, pero está claro que no como yo, porque yo nunca les he enseñado a mis perros que esté "permitido hacerlo dentro" como tú cuentas.
Yo hice un uso puramente oportunista del empapador. Es decir, que nunca le enseñé a mi cachorro a ir ahí, iba él solito simplemente porque prefería hacerlo en una superficie absorbente.
En cambio, si mi perro no hubiera tenido ese reflejo (no todos lo tienen, sobre todo los cachorros que no tuvieron esa opción en el criadero), no habría intentado enseñárselo activamente (como mucho se lo habría enseñado 2 o 3 veces para asegurarme de que viera que estaba ahí, pero sin insistir). Insistir para que el perro lo haga en el empapador si no le sale de forma natural, o reforzarlo (con chuches, etc.), me parece que sí es una pérdida de tiempo si el objetivo final es enseñarle a hacerlo fuera.
Si el uso del empapador es oportunista y solo aprovecha el instinto que tienen muchos cachorros de orinar en superficies absorbentes... ya sean areneros, empapadores o alfombras si estamos dentro (o césped, tierra, arena, etc. si estamos fuera), pero el aprendizaje se hace de forma clásica (sacando al cachorro fuera lo más a menudo posible y felicitándolo cuando lo hace fuera), no veo por qué va a ser más "peligroso" que proteger el parqué como hiciste tú.
Proteger el parqué al final es como poner un empapador que cubra todo el suelo. Yo, en vez de proteger todo el suelo, protegí solo una parte mínima (la del empapador) y aproveché que el instinto del cachorro le llevaba ahí :)